Kvůli svému dřívějšímu postavení královny-manželky se Genenpil také dostala do hledáčku komunistů, kteří ji v roce 1937 zatkli. Genenpilina dcera Tserenkhand vzpomínala na náhlé zmizení své matky, když byla ještě dítě: „Odvedli ji v noci. Nevzbudila nás, jen nám nechala na polštáři kousek cukru. Dodnes si vzpomínám na tu radost, když jsem ráno tu vzácnou pochoutku náhle objevila". Genenpil byla obviněna, že pracovala na zinscenování povstání s pomocí Japonska. Byla obviněna z podrývání moci lidu, z účasti na organizaci povstání a ze shromažďování finančních prostředků na obnovení moci v Chanátu. Genenpil byl zabaven majetek a ona sama byla podrobena mučení metodami používanými ruskou tajnou policií. Genenpil nakonec přiznala vinu a byla odsouzena k trestu smrti. V květnu 1938, kdy byla Genenpil spolu s představiteli duchovní a intelektuální elity země popravena, jí bylo pouhých 33 let a byla v pátém měsíci těhotenství. Spolu s ní byl popraven i její otec.

Ruska Agafia Lykova žije už 81 let daleko od civilizace uprostřed drsné sibiřské tajgy. Až do roku 1978 neznala nikoho jiného než členy své rodiny, kteří do odlehlých hor utekli před Stalinovým režimem.