Mimo státní a soukromé školy funguje v České republice také síť církevního školství. Ačkoli tyto školy někteří rodiče a děti vnímají primárně jako volbu pro věřící rodiny, realita je jiná. Zájem je o ně i v sekulárních rodinách. Zvýšil ho i nedostatek míst na středních školách, zároveň jsou náboženské školy atraktivní i způsobem výuky nebo komunitním prostředím. V Česku funguje několik desítek křesťanských škol, jak katolických, tak protestantských. Svoje má také židovská obec. Zatím ale chybí muslimské školy, případní zřizovatelé totiž od státu ke svému vzniku nedostali povolení.