V posledních dnech války se Höss snažil uniknout odpovědnosti za své činy. Uprchl pod falešnou identitou jako „Franz Lang“, poddůstojník námořnictva. Několik měsíců se vyhýbal odhalení a žil v tichosti na farmě v severním Německu. Jeho žena a děti, opuštěné v malém městě, musely snášet opakované výslechy Spojenců. Nakonec v březnu 1946 britští vyšetřovatelé Hösse vypátrali, když pohrozili, že pokud bude jeho manželka zatajovat informace o jeho pobytu, deportují jeho nejstaršího syna do Sovětského svazu. Höss byl zatčen 11. března 1946. Byl předán do britské vazby a brzy se ocitl v centru poválečného soudního řízení. Höss byl intenzivně vyslýchán, nejprve britskými zpravodajskými důstojníky a poté Spojenci v Norimberku, kde vystupoval jako svědek v procesech s hlavními nacistickými válečnými zločinci. Jeho výpovědi šokovaly i mnohé z obžalovaných, kteří nacistickému režimu sloužili. Höss se znepokojivým klidem vysvětloval každodenní chod Osvětimi a líčil, jak byly statisíce lidí usmrcovány plynem, zastřelením nebo byly upracovány k smrti. Mrazivým, věcným tónem Höss potvrdil proces průmyslového masového vyhlazování a popsal, jak byly po příjezdu vražděny celé transporty Židů. Jeho výroky zanechaly v žalobcích, novinářích i divácích nezapomenutelný dojem: byl to muž, který se přiznal k organizování jednoho z největších zvěrstev v dějinách, ale projevil jen minimální lítost...

Jeho jméno zná v Česku téměř každý. Jiří Kajínek se zapsal do historie nejen jako odsouzený dvojnásobný vrah, ale především jako jediný vězeň, kterému se podařilo uprchnout z pevnosti Mírov. Jeho příběh byl vždy plný zvratů.